Adjunto de Adams foi exonerado do posto de procurador-geral federal em 2003, suspeito de envolvimento em desvio de verbas 

Segundo na hierarquia da Advocacia-Geral da União (AGU), José Weber Holanda Alves já perdeu um posto de alto escalão no órgão, em agosto de 2003, devido à suspeita de participação em operações envolvendo desvio de dinheiro público denunciadas em reportagens do Correio. Ele retornou à cúpula da AGU no fim de 2009, trazido pelo recém-nomeado advogado-geral da União, Luís Inácio Adams, que já o queria como seu adjunto. Porém, a Casa Civil, então comandada pela atual presidente Dilma Rousseff, vetou a indicação, justamente por causa do histórico de Weber. Ele foi, então, alocado no cargo de assessor do gabinete de Adams.

Com a saída de Dilma Rousseff da Casa Civil para disputar as eleições presidenciais, Luís Inácio Adams conseguiu, finalmente, emplacar José Weber Alves, em julho de 2010, como seu substituto na estrutura hierárquica do órgão. Quem autorizou a nomeação foi a substituta de Dilma na Casa Civil, Erenice Guerra, que caiu dois meses depois, também por envolvimento em denúncias de corrupção.

Quando foi exonerado pela primeira vez, há nove anos, José Weber chefiava a Procuradoria- Geral Federal da AGU, que comanda os 4,1 mil procuradores federais de 175 autarquias da União, entre elas, o Instituto Nacional do Seguro Social (INSS), do qual ele foi procurador-geral. Reportagens do Correio publicadas em julho e agosto de 2003 revelaram a participação de Weber em transações imobiliárias, contratações de serviços e processos de cobrança de devedores investigados pelo Ministério Público Federal (MPF), pela Polícia Federal, pela Controladoria-geral da União (CGU) e pelo Tribunal de Contas da União. Pressionado, ele acabou pedindo demissão do cargo.

Uma das reportagens do Correio mostrou que ele deu ordens para que a gerência do INSS em na capital baiana suspendesse a cobrança de R$ 140 milhões em débitos da Universidade Católica de Salvador com a Previdência Social. As dívidas já tinham sido confirmadas pelo Poder Judiciário, em decisão definitiva, não cabendo mais recursos. A universidade conseguiu derrubar depois mais da metade do débito por meio de vias administrativas.

Nomeado por Dirceu

Ainda em 2003, o TCU responsabilizou 13 ex-dirigentes do INSS — entre eles, Weber — por irregularidades em um convênio assinado pelo órgão com o Centro Educacional de Tecnologia em Administração (Cetead), da Bahia, entre 1998 e 2000.

Após deixar a Advocacia-Geral da União, José Weber assumiu a Procuradoria-Geral da Universidade de Brasília, nomeado pelo então ministro-che- fe da Casa Civil, José Dirceu.

Em 2008, a Corregedoria-Geral da AGU, na gestão de José Antônio Dias Toffoli (hoje ministro do STF), abriu processo administrativo contra JoséWe- ber a partir de representação feita pela própria Presidência da República para investigar o envolvimento dele no escândalo do Cetead. Weber entrou commandado de segurança no Superior Tribunal de Justiça (STJ) e conseguiu trancar a investigação em meados de 2009, alegando prescrição. Logo depois, voltou à cúpula da AGU pelas mãos de Luís Inácio Adams.